Die Sixtinische Kapelle, bekannt auch als „Krippenkapelle“, wurde zwischen 1585 und 1587 von Papst Sixtus in Auftrag gegeben. Domenico Fontana, der Vertrauensarchitekt des Papstes, baute die damals größte Kapelle Roms, zu der auch zwei Nebenkapellen gehören, auf dem Grundriss eines griechischen Kreuzes. Auf einem von acht großen Fenstern durchbrochenen Tambour angelegt, krönt sie das Krippenoratorium, das sich im unteren Stockwerk befindet und über eine Doppeltreppe erreichbar ist. Das aus dem frühen Mittelalter stammende Oratorium, das sich ursprünglich im rechten Seitenschiff der Basilika befand, präsentiert sich als Nachbildung der Geburtsgrotte von Bethlehem. Der Tabernakel aus vergoldeter Bronze, ein Werk des Ludovico del Duca, ist ein theologisches Schlüsselelement der gesamten Sixtinischen Kapelle. Mit ihren Arkaden und weinumrankten Säulen erinnert sie an den Tempel Salomons und bringt vor allem die wörtliche Bedeutung des Namens jener Stadt zum Ausdruck, in der Jesus geboren wurde: „Bethlehem“, Haus des Brotes.
Mit der Ausführung der Fresken und Stuckarbeiten wurde ein Künstler-Team unter der Leitung von Cesare Nebbia und Giovanni Guerra betraut. Ihre Werke veranschaulichen die Geschichte der Kindheit Jesu.
An den Seiten befinden sich die Grabmale des Auftraggebers, Sixtus' V., und des hl. Pius V.