Entre 1605 e 1608, Flaminio Ponzio construiu um edifício para os cônegos da Basílica, cujo andar inferior abriga a nova sacristia e o coro de inverno. A abóbada da área do coro foi decorada por Passignano (1608-10) com afrescos representando os Padres da Igreja e os profetas agrupados em torno de uma Imaculada Conceição. O alto relevo em mármore da Assunção de Maria é uma obra-prima de Pietro Bernini (1608-10), pai de Gian Lorenzo.
Durante o pontificado de Leão XII (1823-1829), o coro de inverno foi transformado em um batistério por Giuseppe Valadier. Para esse ambiente, o pontífice doou uma bacia, usada como pia batismal, em pórfiro vermelho, que foi realçada pela balaustrada de mármore ao redor.
Em Santa Maria Maior, o Papa Adriano II recebeu os Santos Cirilo e Metódio em 867 e aprovou o uso do antigo eslavo na liturgia. Esse evento histórico é recordado, no Batistério, por placas comemorativas colocadas por pessoas de língua eslava.