Tra il 1605 e il 1608 Flaminio Ponzio innalzò un palazzo per i canonici della Basilica, il cui piano inferiore ospita la nuova sagrestia e il coro invernale. La volta della zona del coro fu decorata dal Passignano (1608–10) con affreschi raffiguranti Padri della Chiesa e profeti raggruppati attorno ad una Immacolata Concezione. L’altorilievo in marmo dell’Assunzione di Maria è un capolavoro realizzato da Pietro Bernini (1608–10), padre di Gian Lorenzo.
Durante il pontificato di Leone XII (1823–29), il coro invernale fu trasformato da Giuseppe Valadier in battistero. Per tale ambiente il pontefice donò una vasca, utilizzata come fonte battesimale, in porfido rosso, che venne esaltata dalla circostante balaustra di marmo.
A Santa Maria Maggiore Papa Adriano II accolse nell’867 i Santi Cirillo e Metodio e approvò l’uso del paleoslavo nella liturgia. Nel Battistero, questo evento storico viene ricordato da targhe commemorative apposte da popoli di lingua slava.